年末調整の書類を出し忘れても、いきなり罰金…みたいな話ではありません。
ただし、控除が反映されず税金を多く払う（＝手取りが減る）ことがよくあります。
その場合でも、次のどちらかで取り戻せる可能性が高いです。
- 会社に相談して、年末調整をやり直してもらえるか確認
- 自分で確定申告（還付申告）して税金を取り戻す
※還付申告は原則、翌年1/1から5年間できる扱いです。
目次
年末調整を出し忘れると起きること
1) 控除が入らず、所得税が高くなる（＝手取りが減る）
年末調整は、毎月の給与から天引きされた所得税（源泉徴収）を、年末に正しい税額へ精算する仕組みです。
書類が出ていないと、会社は控除を反映できないので 税金が高めのままになりやすいです。
2) 「扶養控除等申告書」を出していないと、そもそも源泉徴収が高くなることがある
「給与所得者の扶養控除等申告書」を提出している人は、給与の源泉徴収で甲欄、出していない人は乙欄が使われます（一般に乙欄の方が天引きが多くなりがち）。
さらに国税庁も、扶養控除等申告書は原則提出が必要である前提で案内しています。
3) 会社の年末調整で戻るはずだった還付が「戻らない」
例えば、生命保険料控除・地震保険料控除・扶養の変更などが反映されず、本来なら戻る所得税が戻らないことがあります。
まずやること：会社に「まだ間に合うか」を確認する
年末調整は会社が処理するので、出し忘れに気づいたら最優先で給与担当（総務・人事）に連絡しましょう。
ポイントはここです。
- 会社がすでに年末調整を締めたか
- すでに源泉徴収票を発行したか
- 会社として「再計算（再調整）」できるタイミングか
実務的には、会社が税務署へ関係書類を提出する時期（翌年1月末）までの間なら、再計算対応できるケースもあります（ただし会社ルール次第）。
会社で対応できないと言われたら：自分で確定申告（還付申告）する
会社で年末調整ができなかった場合でも、自分で確定申告をすれば、控除を反映して税金を精算できます。
還付申告はいつまで？
還付申告は原則、その年の翌年1月1日から5年以内に提出できます。
いつ確定申告する？
国税庁の案内では、令和7年分（2025年分）の確定申告の受付は 令和8年2月16日（月）〜3月16日（月）です。
こんな人は「確定申告で取り戻す」が王道
- 生命保険料控除、地震保険料控除、扶養関連などを出し忘れた
- 医療費控除、ふるさと納税（ワンストップ未完了等）を反映したい
- 年の途中で退職して年末調整を受けていない（中途退職） →この場合も、確定申告で還付を受けられる旨が国税庁に明記されています
よくある「出し忘れ」別：どうなる？どうする？
扶養控除等申告書を出し忘れ
- 源泉徴収が乙欄扱いになり、手取りが減る可能性
- 対処：会社にすぐ相談。間に合わなければ確定申告で精算
保険料控除（生命保険・地震保険）の証明書を出し忘れ
- 年末調整で控除が入らず、税金が高いまま
- 対処：会社が無理なら確定申告で控除を入れて還付を狙う
住宅ローン控除（2年目以降）を出し忘れ
- 年末調整で反映されず、還付が受けられない
- 対処：確定申告（※必要書類はケースで異なるので、手元の書類を確認）
出し忘れを防ぐチェックリスト（来年用）
- 扶養控除等申告書（年の最初の給与前日までが原則）
- 保険料控除証明書（生命・地震など）
- 住宅ローン控除関連（年末調整用の書類が必要な年は特に注意）
- ふるさと納税：ワンストップをやったか／5自治体超えてないか等
